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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
08/12/2023 |
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Data da última atualização: |
08/12/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, G. F.; NASCIMENTO, A. C. C.; AZEVEDO, C. F.; CELERI, M. de O.; BARROSO, L. M. A.; SANT’ANNA, I. de C.; VIANA, J. M. S.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M. |
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Afiliação: |
GABRIELA FRANÇA OLIVEIRA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; ANA CAROLINA CAMPANA NASCIMENTO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; MAURÍCIO DE OLIVEIRA CELERI, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; LAÍS MAYARA AZEVEDO BARROSO, INSTITUTO FEDERAL DE EDUCAÇÃO, CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE MATO GROSSO; ISABELA DE CASTRO SANT’ANNA, INSTITUTO AGRONÔMICO DE CAMPINAS; JOSÉ MARCELO SORIANO VIANA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPCa; MOYSÉS NASCIMENTO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA. |
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Título: |
Population size in QTL detection using quantile regression in genome‑wide association studies. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 13, Article 9585, 2023. |
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Páginas: |
10 p. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1038/s41598-023-36730-z |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
The aim of this study was to evaluate the performance of Quantile Regression (QR) in Genome-Wide Association Studies (GWAS) regarding the ability to detect QTLs (Quantitative Trait Locus) associated with phenotypic traits of interest, considering different population sizes. For this, simulated data was used, with traits of different levels of heritability (0.30 and 0.50), and controlled by 3 and 100 QTLs. Populations of 1,000 to 200 individuals were defined, with a random reduction of 100 individuals for each population. The power of detection of QTLs and the false positive rate were obtained by means of QR considering three different quantiles (0.10, 0.50 and 0.90) and also by means of the General Linear Model (GLM). In general, it was observed that the QR models showed greater power of detection of QTLs in all scenarios evaluated and a relatively low false positive rate in scenarios with a greater number of individuals. The models with the highest detection power of true QTLs at the extreme quantils (0.10 and 0.90) were the ones with the highest detection power of true QTLs. In contrast, the analysis based on the GLM detected few (scenarios with larger population size) or no QTLs in the evaluated scenarios. In the scenarios with low heritability, QR obtained a high detection power. Thus, it was verified that the use of QR in GWAS is effective, allowing the detection of QTLs associated with traits of interest even in scenarios with few genotyped and phenotyped individuals. |
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Thesaurus Nal: |
Genome-wide association study; Phenotypic variation; Regression analysis. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1159390/1/Population-size-in-QTL-detection.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Registro |
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| Registros recuperados : 13 | |
| 1. |  | TEODORO, P. E.; NASCIMENTO, M.; TORRES, F. E.; BARROSO, L. M. A.; SAGRILO, E. Perspectiva bayesiana na seleção de genótipos de feijão-caupi em ensaios de valor de cultivo e uso. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 50, n. 10, p. 878-885, out. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 3. | | TEODORO, P. E.; BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, M.; TORRES, F. E.; SAGRILO, E.; SANTOS, A. dos; RIBEIRO, L. P. Redes neurais artificiais para identificar genótipos de feijão-caupi semiprostrado com alta adaptabilidade e estabilidade fenotípicas. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 50, n. 11, p. 1054-1060, nov. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 6. | | NASCIMENTO, M.; ROCHA, G. S. da; PINTO, D. S.; BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, A. C. C.; FERREIRA, R. de P.; SILVA, F. F. e. Correlação de Spearman aplicada ao estudo de adaptabilidade e estabilidade em genótipos de alfafa. Investigacion Agrária, v. 15, n. 2, p. 83-90, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 7. | | BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; FONSECA, F. F. e; CRUZ, C. D.; BHERING, L. L.; FERREIRA, R. de P. Metodologia para análise de adaptabilidade e estabilidade por meio de regressão quantílica. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 50, n. 4, p. 290-297, abr. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 8. | | BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; CRUZ, C. D.; BHERING, L. L.; FERREIRA, R. de P. Metodologia para análise de adaptabilidade e estabilidade por meio de regressão quantílica. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 50, n. 4, p. 267-290-297, abr. 2015. Título em inglês: Methodology for analysis of adaptability and stability using quantile regression.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 9. | | BARROSO, L. M. A.; TEODORO, P. E.; NASCIMENTO, M.; TORRES, F. E.; SANTOS, A. dos; CORRÊA, A. M.; SAGRILO, E.; CORRÊA, C. C. G.; SILVA, F. A.; CECCON, G. Bayesian approach increases accuracy when selecting cowpea genotypes with high adaptability and phenotypic stability. Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 1, p. 1-11, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Meio-Norte. |
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| 10. | | NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; CRUZ, C. D.; NASCIMENTO, A. C. C.; VIANA, J. M. S.; AZEVEDO, C. F.; BARROSO, L. M. A. Regularized quantile regression applied to genome-enabled prediction of quantitative traits. Genetics and Molecular Research, v. 16, n. 1, gmr16019538, 2017. 12 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 11. | | BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F.; SERÃO, N. V. L.; CRUZ, C. D.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. L.; AZEVEDO, C. F.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F. Regularized quantile regression for SNP marker estimation of pig growth curves. Journal of Animal Science and Biotechnology, v. 8, n. 59, 2017. 9 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 12. | | OLIVEIRA, G. F.; NASCIMENTO, A. C. C.; AZEVEDO, C. F.; CELERI, M. de O.; BARROSO, L. M. A.; SANT’ANNA, I. de C.; VIANA, J. M. S.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M. Population size in QTL detection using quantile regression in genome‑wide association studies. Scientific Reports, v. 13, Article 9585, 2023. 10 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 13. | | TEIXEIRA, F. R. F.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; CRUZ, C. D.; AZEVEDO, C. F.; PAIXÃO, D. M.; BARROSO, L. M. A.; VERARDO, L. L.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S. Factor analysis applied to genome prediction for high-dimensional phenotypes in pigs. Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 2, 2016. 10 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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